Doğumsal anomaliler olarak bilinen doğum sırasında mevcud fiziksel biçim bozuklukların ve pek fazlaca hastalığın tanı ve tedavisi ile çocuk cerrahisi kısmı hekimleri ilgilenir. Kalp hastalıkları hariç olmak suretiyle göğüs, jinekoloji, onkoloji, endokrin, hazım sistemi, travma, karın ve göbek fıtığı cerrahisi başlıca uzmanlık alanlarıdır. Açık ameliyatların yanı sıra kapalı ameliyat olarak malum laparoskopik ve torakoskopik cerrahi girişimler de çocuk cerrahı tarafınca uygulanır.